病毒宏基因組測(cè)序的研究案例：噬菌體是糞便病毒組的主要成員，糞便病毒組移植（FVT）或能有效的調(diào)節(jié)腸道菌群。在該項(xiàng)概念驗(yàn)證試驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)，接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后，飼喂高脂食物的小鼠體重增長(zhǎng)變慢，同時(shí)還能保持正常的血糖指標(biāo)，F(xiàn)VT引起的腸道菌群變化介導(dǎo)了這些保護(hù)性功能代謝作用。這項(xiàng)研究表明，F(xiàn)VT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關(guān)代謝類疾病。對(duì)噬菌體不造成損傷，大程度保證了病毒活性，適用于下游FVT研究。宏病毒組學(xué)(ViralMetagenomics)是宏基因組學(xué)的一個(gè)分支，但與傳統(tǒng)的宏基因組學(xué)概念不同，它是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上，結(jié)合病毒自身的特點(diǎn)，將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用到病毒學(xué)領(lǐng)域而形成的。在傳統(tǒng)的診斷檢測(cè)中對(duì)病原體的診斷檢測(cè)是通過體外培養(yǎng)的方式進(jìn)行的。杭州宏病毒學(xué)測(cè)序分析檢測(cè)

病毒宏基因組測(cè)序注意事項(xiàng)：探普生物對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序?qū)嶒?yàn)基于二代測(cè)序技術(shù)。經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后，樣本轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對(duì)病毒的核酸純化樣本指南，以提高純度和得率，與此同時(shí)探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二，文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)。樣本的核酸具備濃度低，總量少的特點(diǎn)。探普生物專門針對(duì)這一點(diǎn)開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建，可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測(cè)序文庫。第三，生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。河南宏病毒學(xué)分析診斷宏基因組測(cè)序技術(shù)不依賴于微生物的分離培養(yǎng)。

病原體-宏基因組的測(cè)序:1.開發(fā)了一種經(jīng)過驗(yàn)證的臨床mNGS檢測(cè)方法，用于在許可的微生物實(shí)驗(yàn)室中診斷腦脊髓液（CSF）引起的腦膜炎和腦炎的傳染原因。2.開發(fā)了定制的生物信息學(xué)管道SURPI+，以快速分析mNGS數(shù)據(jù)，生成檢測(cè)到的病原體的自動(dòng)摘要，并提供用于評(píng)估和解釋結(jié)果的圖形用戶界面。3.mNGS提供了一種全方面的方法，通過該方法可以在一次測(cè)定中準(zhǔn)確鑒定幾乎所有潛在病原體-病毒，細(xì)菌，寄生蟲。4.將mNGS測(cè)試遷移到臨床微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室仍然面臨許多挑戰(zhàn)：1、缺乏用于mNGS臨床驗(yàn)證的既定藍(lán)圖；2、難以將病原體從殖民者或污染物中區(qū)分開；3、缺乏專為臨床診斷使用的生物信息學(xué)軟件；4、注重質(zhì)量和全方面性的可獲得的參考數(shù)據(jù)庫；5、臨床實(shí)驗(yàn)室改進(jìn)修正案（CLIA）環(huán)境中，患者診斷測(cè)試固有的法規(guī)遵從性要求。

病毒宏基因組學(xué)中包含兆級(jí)的短序列片段（Reads）。通過不同的序列拼接軟件將Reads拼接較長(zhǎng)的DNA序列片斷（Contigs）。數(shù)據(jù)組裝可通過K-mer分析評(píng)估各個(gè)樣品的測(cè)序深度，通過對(duì)SOAPdenovo設(shè)置不同K值，篩選較好組裝結(jié)果，對(duì)較好組裝結(jié)果進(jìn)行校正，并統(tǒng)計(jì)Reads利用率。接著利用已測(cè)序生物體的DNA序列構(gòu)建數(shù)據(jù)庫，將拼接后的Contigs通過不同的鑒定方案，與數(shù)據(jù)庫里的DNA序列信息進(jìn)行比對(duì)，確定該序列來自的生物群落，篩選有用的基因信息。此外，還可以用一些工具對(duì)序列進(jìn)行基因預(yù)測(cè)（如Metagene、GeneMark、FragGeneScan等）。樣品具備什么條件才能獲得比較質(zhì)量的宏基因組分析效果？

探普生物對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序?qū)嶒?yàn)基于二代測(cè)序技術(shù)。經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后，樣本轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。首先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對(duì)病毒的核酸純化樣本指南，以提高純度和得率，與此同時(shí)探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二，文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)。樣本的核酸具備濃度低，總量少的特點(diǎn)。探普生物專門針對(duì)這一點(diǎn)開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建，可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測(cè)序文庫。第三，生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。病原微生物二代測(cè)序也稱宏基因組測(cè)序（mNGS）是目前臨床上針對(duì)病原常用的基因測(cè)序方法。河南宏基因?qū)W分析方法

宏基因組測(cè)序能夠快速全方面的展示序列信息的優(yōu)勢(shì)。杭州宏病毒學(xué)測(cè)序分析檢測(cè)

病毒宏基因組測(cè)序可直接對(duì)樣本中的核酸進(jìn)行高通量測(cè)序，鑒定樣本中可能存在的病原菌，輔助臨床決策。覆蓋細(xì)菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物；同時(shí)進(jìn)行耐藥基因檢測(cè)，涵蓋266種耐藥菌，2984種抗性基因。宏基因組測(cè)序在新發(fā)腹瀉病毒鑒定中的應(yīng)用：發(fā)現(xiàn)和鑒定新病毒以及確定新病毒與疾病的關(guān)系是預(yù)防、診斷和新發(fā)病毒性傳染病的首要任務(wù)。高通量測(cè)序技術(shù)突破了傳統(tǒng)技術(shù)方法的局限，可以直接以標(biāo)本中所有的遺傳物質(zhì)為研究對(duì)象，從而能夠快速地鑒定出標(biāo)本中存在的病毒，形成了一門研究特定環(huán)境中病毒群落的新興學(xué)科：病毒宏基因組學(xué)(宏病毒組)。杭州宏病毒學(xué)測(cè)序分析檢測(cè)

上海探普生物科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，以科技創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)***管理的追求。上海探普生物作為從事生物科技專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)開發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、易制毒化學(xué)品），實(shí)驗(yàn)室設(shè)備，計(jì)算機(jī)、軟件及輔助設(shè)備，電子產(chǎn)品銷售，計(jì)算機(jī)軟件開發(fā)及維護(hù)，計(jì)算機(jī)信息系統(tǒng)集成服務(wù)等。的企業(yè)之一，為客戶提供良好的病毒測(cè)序，病毒全基因組測(cè)序，病毒宏基因組測(cè)序，未知病原鑒定。上海探普生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路，既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長(zhǎng)，又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域，實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。上海探普生物始終關(guān)注自身，在風(fēng)云變化的時(shí)代，對(duì)自身的建設(shè)毫不懈怠，高度的專注與執(zhí)著使上海探普生物在行業(yè)的從容而自信。