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廣東病毒測序分析排行

來源: 發(fā)布時間:2024-06-28

在哪些應用場景需要對病毒的全基因組進行測序?在探普生物長時間運行過程中,我們接觸到的對病毒的全基因組進行測序項目有比較豐富的應用場景。先,從事基因進化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關鍵基因,搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經費,同時能達到研究目的。此外,有的單位需要對傳染病的病原進行流行病學監(jiān)測和研究,如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應課題組,可能需要對病毒的全基因組進行測序以后,結合其他上下游的研究數據,達到研究或者監(jiān)測疫病的目的。高通量測序技術正式啟用之后,研究者可以將樣品處理至標準濃度和體積后進行測序和分析.廣東病毒測序分析排行

病毒的基因重組特點是什么?滅活病毒間也會發(fā)生重組:例如用紫外線滅活的兩株同種病毒,一同培養(yǎng)常可使滅活的病毒復活產生出侵染性病毒體,此稱為多重復活(Multiplicityreactivation),這是因為兩種病毒核酸上受損害的基因部位不同,由于重組相互彌補而得到復活。因此現今不用紫外線滅活病毒制造疫苗,以防復活。死活病毒間發(fā)生重組:例如將能在雞胚中生長良好的甲型流感病毒(A0或A1亞型)疫苗株經紫外線滅活后,再加亞洲甲型(A2亞型)活流感病毒一同培養(yǎng),產生出具有前者特點的A2亞型流感病毒,可供制作疫苗,此稱為交叉復活。DNA深度測序檢測從事病原流行病學監(jiān)測和研究的工作者需要將病毒全基因組測序結合其他上下游的研究數據。

目前對我國首例輸入性裂谷熱病例病毒進行全基因組測定,分析其進化來源及潛在變異.方法提取樣本核酸,非特異性反轉錄擴增病毒基因組RNA,使用IonTorrent二代測序儀進行病毒全基因組測定.對獲得的基因組數據進行序列拼接、比對、進化樹構建和關鍵位點分析.結果通過測定獲得了病毒全基因組11979nt,該測定病毒屬E基因分支,序列與先前南非分離株Kakamas相似度較高(>98%).病毒Gn蛋白C端信號肽區(qū)存在1個氨基酸突變.結論本研究分析測定的裂谷熱病毒全基因組與目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出現明顯變異。

深度測序與個性化醫(yī)學的范式相比,P4醫(yī)學更強調早期預測和預防,強調對患者了解的系統(tǒng)性和參與性。準確醫(yī)學的概念則是在基因測序普及的基礎上,將整個個體的各種信息如生理信息(通過可穿戴設備可以即時監(jiān)控和收集到)和腸道菌群變化、各種組學信息(深度測序測定)整合,進行準確的疾病分型、調整和預防。隨著老年化時代的到來及臨床資源的限制,基于這三種范式的健康管理和準確診療將成為生物醫(yī)學研究與應用的基本范式,走向大眾生活,正如當年的計算機發(fā)展歷程一樣,會從原來的大型機器演變成可移動的小型工具。醫(yī)學與健康的將來也會隨著深度測序的普及和生物信息學數據處理能力的大幅度提高,而進入個性化的大眾管理時代。Sanger測序準確度非常高,讀長很長。

哪些應用場景需要對病毒的全基因組進行測序?在探普生物長時間運行過程中,我們接觸到的對病毒的全基因組進行測序項目有比較豐富的應用場景。先,從事基因進化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關鍵基因,搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經費,同時能達到研究目的。此外,有的單位需要對傳染病的病原進行流行病學監(jiān)測和研究,如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應課題組,可能需要對病毒的全基因組進行測序以后,結合其他上下游的研究數據,達到研究或者監(jiān)測疫病的目的。病毒全基因測序不僅需要精密的儀器設備,也需要檢測人員具有豐富的經驗和過硬的技術。RNA病毒序列測序進化分析價格

二代測序單次運行可以獲得海量的數據量,因此也稱為高通量測序。廣東病毒測序分析排行

    有哪些技術手段能實現對病毒的全基因組進行測序呢?早期在高通量測序技術普及之前,對病毒的全基因組進行測序是通過非特異性擴增+克隆結合sanger測序來完成的。當物種有了參考的序列之后,可以通過特異性擴增+sanger測序獲得全基因組序列。Sanger測序準確度高,讀長很長,但與此同時,擴增和克隆工作費時費力,由于流程繁瑣,加上快速變異導致引物無法通用,該方法對于大量基因組的測序工作而言,可操作性不強,這對于研究者一直是一個困擾。高通量測序技術正式啟用之后,研究者可以將樣品處理至標準濃度和體積后進行測序和分析,減少了工作量,增加了成功率。探普生物進行了大量有針對性的研發(fā)和測試,開發(fā)了全套的實驗和分析流程用于對病毒的全基因組進行測序,該流程自運行以來廣受研究者們好評。 廣東病毒測序分析排行