目前技術(shù)的進(jìn)一步成熟，未來二代測序病原體檢測應(yīng)進(jìn)一步在成本下降、診斷標(biāo)準(zhǔn)完善、質(zhì)量控制提升等方面進(jìn)行完善。同時(shí)應(yīng)進(jìn)一步增加大樣本量的研究，以建立中國傳染病原體宏基因組學(xué)檢測的標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范。對(duì)于懷疑神經(jīng)系統(tǒng)急性傳染的患者，如有條件，推薦在抽取腦脊液時(shí)同步留取2mL腦脊液標(biāo)本保存于-16～20℃冰箱。在完成常規(guī)生物化學(xué)檢查和培養(yǎng)之后，若3d內(nèi)未獲得明確的病原學(xué)依據(jù)且經(jīng)驗(yàn)性抗傳染無效，推薦對(duì)留存的腦脊液標(biāo)本進(jìn)行二代測序檢測。若未留存標(biāo)本，可重新采集標(biāo)本（Ａ，Ⅱ）?？茖W(xué)家通過對(duì)病毒進(jìn)行全基因組測序，能了解病毒不同傳播階段的變異情況。鄭州水體微生物多樣性分析服務(wù)

宏基因組是指特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和，宏基因組測序以特定環(huán)境中的整個(gè)微生物群落作為研究的對(duì)象，不需對(duì)微生物進(jìn)行分離培養(yǎng)，而是提取環(huán)境微生物總DNA進(jìn)行研究。其擺脫了傳統(tǒng)研究中微生物分離培養(yǎng)的技術(shù)限制，在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度，探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關(guān)系。目前，第二代高通量測序技術(shù)在宏基因組的研究上已被普遍應(yīng)用。第二代高通量測序平臺(tái)具有通量高、準(zhǔn)確性高、速度快、信息全等特點(diǎn)，加快了宏基因組測序在鑒定低豐度的微生物群落，挖掘更多基因資源方面的應(yīng)用。腸道微生物多樣性測序分析找哪家病毒宏基因組測序可直接對(duì)樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序。

宏病毒組學(xué)是宏基因組學(xué)的一個(gè)分支，但與傳統(tǒng)的宏基因組學(xué)概念不同，它是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上，結(jié)合病毒自身的特點(diǎn)，將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用到病毒學(xué)領(lǐng)域而形成的。2002年，Breitbart等(BreitbartM,etal,2002)將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用于海洋病毒群落的研究，發(fā)現(xiàn)噬菌體為海水中主要病毒組，這一研究標(biāo)志著宏病毒組學(xué)正式應(yīng)用于科學(xué)研究。簡而言之，宏病毒組學(xué)就是應(yīng)用特殊方法把特定環(huán)境中所有病毒與其他微生物分開，然后提取的病毒核酸，用高通量技術(shù)進(jìn)行病毒核酸測序，依托現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫進(jìn)行相應(yīng)的比對(duì)工作，并運(yùn)用軟件分析處理后得到研究樣品中病毒群落的組成信息。

宏基因組學(xué)或元基因組（metagenomics），其定義為“Thecollectivegenomesofsoilmicroflora”。該學(xué)科可追溯到第1次提出環(huán)境基因組學(xué)的概念，在對(duì)太平洋浮游生物進(jìn)行系統(tǒng)分類時(shí)構(gòu)建了第1個(gè)噬菌體文庫，并發(fā)現(xiàn)了15種全新的細(xì)菌序列。宏基因組學(xué)概念是“土壤中所有微生物基因組的總和”命名為土壤宏基因組，系統(tǒng)給出了宏基因組的概念，提出針對(duì)特定環(huán)境樣品中遺傳物質(zhì)總和進(jìn)行非培養(yǎng)研究。對(duì)宏基因組進(jìn)一步概括為“應(yīng)用現(xiàn)代的分子生物學(xué)技術(shù)直接從環(huán)境中獲取的目的微生物群落基因組，叫宏基因組”。宏基因組測序技術(shù)，克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術(shù)限制。

宏基因組測序的挑戰(zhàn)：背景干擾，病原樣本深藏在大量宿主和其它微生物之內(nèi)，臨床病原常為起始量低，背景噪音大的復(fù)雜樣本，大量宿主信號(hào)掩蓋了微量病原信號(hào)，致使敏感性偏低，難以有效區(qū)分。另外，因?yàn)镽NA病毒需先轉(zhuǎn)化為互補(bǔ)DNA(cDNA)再進(jìn)行測序，因此病原宏基因組測序技術(shù)對(duì)RNA病原體檢出率比DNA病毒更低?？梢钥紤]對(duì)核酸樣本進(jìn)行特殊的處理，對(duì)病毒序列進(jìn)行特異性富集，再進(jìn)行建庫測序。質(zhì)量控制：病原宏基因組測序技術(shù)涉及一系列繁瑣的實(shí)驗(yàn)操作過程，例如文庫構(gòu)建涉及到基因組打斷，測序接頭鏈接，全基因組擴(kuò)增等多個(gè)步驟，每一步驟的目標(biāo)是要每個(gè)分子都以相同的效率執(zhí)行每個(gè)步驟，打斷有損失，連接有差別，擴(kuò)增有偏好，都會(huì)帶來檢測誤差。隨著數(shù)據(jù)庫日趨完善，對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測序以后，我們將獲得越來越豐富的信。鄭州水體微生物多樣性分析服務(wù)

對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測序于臨床，能輔助臨床醫(yī)生進(jìn)行微生物侵染類疾病診斷并在一定程度提供用藥指導(dǎo)。鄭州水體微生物多樣性分析服務(wù)

病毒宏基因組測序可直接對(duì)樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序，鑒定樣本中可能存在的病原菌，輔助臨床決策。覆蓋細(xì)菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物；同時(shí)進(jìn)行耐藥基因檢測，涵蓋266種耐藥菌，2984種抗性基因。宏基因組測序在新發(fā)腹瀉病毒鑒定中的應(yīng)用：發(fā)現(xiàn)和鑒定新病毒以及確定新病毒與疾病的關(guān)系是預(yù)防、診斷和新發(fā)病毒性傳染病的首要任務(wù)。高通量測序技術(shù)突破了傳統(tǒng)技術(shù)方法的局限，可以直接以標(biāo)本中所有的遺傳物質(zhì)為研究對(duì)象，從而能夠快速地鑒定出標(biāo)本中存在的病毒，形成了一門研究特定環(huán)境中病毒群落的新興學(xué)科：病毒宏基因組學(xué)(宏病毒組)。鄭州水體微生物多樣性分析服務(wù)

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