人類的病毒性傳染很普遍,病毒可以通過呼吸道、消化道、皮膚等多種途徑進行傳播,常常會導(dǎo)致嚴重的公共健康問題,對人類的健康造成威脅。傳統(tǒng)的病毒檢測方法主要依賴于細胞培養(yǎng)法、抗原抗體結(jié)合法等,這些方法耗時久,靈敏度低,往往不能夠滿足臨床檢測需求。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,PCR方法用于病毒檢測的案例越來越多,但該方法的特異性限制了其同時檢測其它病毒的能力。因此,需要通過新的技術(shù)來實現(xiàn)。隨著二代測序技術(shù)成本的降低與普及,二代測序在臨床病原體檢測方面的優(yōu)勢也越加突顯。該技術(shù)基于二代測序平臺,可以直接從樣本中獲得病原體的核酸序列信息,再通過生物信息學(xué)的方法對得到的序列進行分析,可以快速地對樣本中可能存在的全部病原體進行鑒定,縮短了臨床檢測的周期。目前對病毒溯源分型主要檢測手段就是高通量測序技術(shù)。廣州高通量測序排行
RNA/DNA病毒測序?qū)Σ《净蚪M進行測序是快速了解病毒突變、毒力變化、病毒型別的有效方法??梢愿鶕?jù)病毒基因組大小和類型,采用PCR、RT-PCR或shotgun測序法,對病毒的部分或全長基因組測序,結(jié)果準確可靠。服務(wù)標準:測出的序列準確性在99%以上;病毒全基因組測序測出序列在總基因組大小95%以上;數(shù)小于5個;Shotgun測序的覆蓋度在6以上;PCR和RT-PCR測序達到2。服務(wù)說明:1、提供病毒DNA或RNA作為樣品。2、PCR測序的DNA樣品總量大于5μg,濃度大于20ng/μl。DNA無降解。3、Shotgun測序法的DNA樣品總量大于20μg,濃度大于100ng/μl。DNA無降解。4、用RT-PCR和PCR測序法在提供參考序列時需同時提交樣品部分序列與參考序列的比對文件,確保同源性在95%以上。
RNA病毒深度測序排行對病毒的全基因組進行測序主要是通過非特異性擴增+克隆結(jié)合sanger測序來完成。
病毒基因組測序的五條標準是:測序的完成程度,決定著基因組的下游應(yīng)用,包括設(shè)計診斷產(chǎn)品、反向遺傳系統(tǒng)以及開發(fā)調(diào)整對策等?;蚪M是生物體內(nèi)的遺傳物質(zhì),以DNA或RNA的形式編碼。病毒基因組包括基因和一些非編碼的DNA或RNA序列,含有病毒復(fù)制和傳播所必需的信息。因此,確定這些序列可以獲得寶貴的信息,可以應(yīng)用于各種醫(yī)學(xué)和科研領(lǐng)域。高通量測序技術(shù)飛速發(fā)展,現(xiàn)在幾乎所有的病毒研究方向都涉及了測序,包括分子流行病學(xué)、藥物和疫苗開發(fā)、病毒的監(jiān)控與診斷等等。
病毒基因組測序:病毒基因組測序包括完成圖測序、掃描圖測序和重測序三個層面,通過二代/三代測序平臺,獲得病毒的基因組的序列信息,并在結(jié)構(gòu)基因組學(xué)、比較基因組學(xué)層面通過差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進化分析等手段探究病毒的毒力系統(tǒng)、基因組的進化與演變歷程等。對疑似傳染標本采集提取后直接進行高通量測序,通過病原微生物專門用的數(shù)據(jù)庫比對和智能化算法分析,獲得疑似致病微生物種屬信息,并提供全方面深入的報告,為疑難危重傳染提供快速準確診斷依據(jù),促進藥物的合理應(yīng)用。病毒是由一種核酸分子與蛋白質(zhì)構(gòu)成或只由蛋白質(zhì)構(gòu)成。
病毒全基因組測序定在探普生物長時間運行過程中,我們接觸到的對病毒的全基因組進行測序項目有比較豐富的應(yīng)用場景。先,從事基因進化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關(guān)鍵基因,搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經(jīng)費,同時能達到研究目的。此外,有的單位需要對傳染病的病原進行流行病學(xué)監(jiān)測和研究,如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組,可能需要對病毒的全基因組進行測序以后,結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù),達到研究或者監(jiān)測疫病的目的。
在探普生物進行病毒基因組測序是比較簡單的。RNA病毒全基因組二代測序分析診斷
DNA病毒基因組測序:獲得一種指定DNA病毒盡量完整的序列。廣州高通量測序排行
DNA病毒基因組的測序:動物、人、植物被特定病毒株侵染、分離到病毒株、連續(xù)傳代的病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來指導(dǎo)下一步的研究,傳統(tǒng)的sanger測序需要了解序列、設(shè)計引物、做很多PCR,往往效率很低,而NGS作為一種無需特異性引物擴增的測序方式,可以直接從DNA中獲得序列。DNA病毒基因組測序:如果,1,您的目的是:獲得一種指定DNA病毒盡量完整的序列;2,您可以提供該病毒的中英文名稱;3,您了解樣本中病毒的載量情況、培養(yǎng)狀況、ct值等任一信息。那么,探普為你準備了完整的下單、樣本準備方法,經(jīng)過探普的實驗、測序、分析,你將獲得:1,1-5Gb測序數(shù)據(jù)量rawdata;2,一般可獲得95%以上的拼接序列,100kb以上大基因組病毒除外;其他特殊要求如:突變分析、進化分析都可直接與技術(shù)支持聯(lián)系。廣州高通量測序排行
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