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河南病毒宏基因組測序

來源: 發(fā)布時間:2023-05-31

病毒宏基因組學(xué)的相關(guān)知識:病毒是引發(fā)人畜共患病的主要病原體之一,伴隨環(huán)境、生態(tài)和人類行為等各方面因素的變化,新發(fā)人畜共患病也呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢,它們極大地威脅著人類和動物的健康和生命,并給畜牧業(yè)和農(nóng)業(yè)的健康發(fā)展以及自然界生態(tài)鏈的平衡帶來危害及災(zāi)難。然而,許多新發(fā)人畜共患病的病原初往往是未知的,如1986年的牛海綿狀腦病、1999年的尼帕病毒、2003年的SARS冠狀病毒、1997至今不斷變異的高致病性禽流感H5和H;7、2009年的甲型H1N1、2010年的布尼亞病毒,它們都經(jīng)歷了一個從未知到己知的探索過程。為此,及早地發(fā)現(xiàn),鑒別未知的或新出現(xiàn)的病原,是有效預(yù)防和控制傳染病的先決條件之一。傳統(tǒng)的診斷技術(shù)已不能滿足提前預(yù)警或快速診斷新發(fā)人畜共患病的需求。近年來,病毒宏基因組學(xué)的出現(xiàn)和興起,為人類診斷新發(fā)人畜共患病和探索潛在的病原提供了巨大的幫助。病毒全基因組測序產(chǎn)品特點:基于PCR技術(shù)和抗原抗體技術(shù)的售后驗證平臺,致力于解決臨床的每一個疑問。河南病毒宏基因組測序

宏基因組測序技術(shù)注意事項:傳統(tǒng)微生物檢測由于時間長、陽性率低、檢測目標(biāo)單一,限制了傳染疾病的診治。宏基因組測序技術(shù)不依賴于微生物的分離培養(yǎng),克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術(shù)限制,為研究和開發(fā)利用占微生物種類99%以上的未可培養(yǎng)的微生物提供了一種新的途徑和良好的策略。宏基因組測序以無需純化培養(yǎng)、能夠快速全方面的展示序列信息的優(yōu)勢,逐步在臨床上得到了普遍應(yīng)用。病原宏基因組測序檢測出病原體并報告相應(yīng)被檢測出的序列數(shù),再依據(jù)大數(shù)據(jù)庫判定是否為致病病原體。然而不同的測序平臺采用不同的數(shù)據(jù)庫,再由不同的研發(fā)、臨床和檢驗**解讀,缺乏統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn),結(jié)果也會出現(xiàn)差異。因此仍需將病原宏基因組測序檢測數(shù)據(jù)和臨床更好的結(jié)合,從而更準(zhǔn)確鑒定致病病原體。微生物多樣性分析排行宏基因組測序以特定環(huán)境中的整個微生物群落作為研究的對象,不需對微生物進行分離培養(yǎng)。

狀病毒的發(fā)現(xiàn),病原宏基因組測序功不可沒。對一種新病毒進行鑒定和檢測,其中非常關(guān)鍵的步驟就是獲得病毒的全基因組信息。在此次病情監(jiān)測和防控中,病原宏基因組測序發(fā)揮了至關(guān)重要的作用,利用其技術(shù)優(yōu)勢,研究人員在五天內(nèi)就鑒定并分析出冠狀病毒的基因組,而2003年SARS的鑒定耗時5月余、2013年H7N9的鑒定耗時1月余。冠狀病毒2019-nCoV為線性單鏈RNA(ssRNA)病毒,基因組全長包含29903個核苷酸,10個基因。病毒基因組序列為進一步分析其傳染機理,傳播途徑,藥物靶點等提供了有利的支持。

宏病毒組是病毒的宏基因組,該技術(shù)是隨著高通量測序技術(shù)的興起而發(fā)展起來的。該技術(shù)主要是使用大量微生物群體樣本的測序數(shù)據(jù)和生物信息學(xué)分析手段,以多種數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ),進行群體的種類和功能分析。因此,它主要的應(yīng)用場景在于微生物群體研究,如腸道微生物、皮膚微生物、口腔微生物、水體微生物、土壤微生物等。一直以來宏基因組技術(shù)都是在細(xì)菌領(lǐng)域使用,病毒的樣本收集困難、文庫構(gòu)建繁瑣、數(shù)據(jù)庫不完善,因此宏基因組技術(shù)未能獲得普遍應(yīng)用。上海探普生物科技有限公司立志專門解決病毒方向的基因組研究難題,開發(fā)了整套的樣本處理和生信分析流程,基于這套流程,研究者們想對樣本進行宏病毒組測序就很容易實現(xiàn)了。全基因組測序通過運用新一代高通量DNA測序儀,進行10到20倍覆蓋率的個人全基因組測序。

對樣本進行宏病毒組測序具有的意義:和細(xì)菌的宏基因組相似,病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規(guī)律和差異,通過大數(shù)據(jù)分析微生物群體的功能。通過對樣本進行宏病毒組測序,我們可以了解單個樣本里有什么病毒,相對含量是多少,優(yōu)勢物種是什么;還可以了解不同群體間物種分布有何差異,結(jié)合樣本來源和其所屬環(huán)境,指導(dǎo)下游的實驗方向。于科研,好的群體和樣本可以發(fā)表質(zhì)量的學(xué)術(shù)論文;于臨床,可以輔助臨床醫(yī)生進行微生物侵染類疾病診斷并在一定程度提供用藥指導(dǎo)。隨著數(shù)據(jù)庫日趨完善,對樣本進行宏病毒組測序以后,我們將獲得越來越豐富的信息,它有朝一日會成為研究者非常常規(guī)的研究手段。宏基因組測序以特定環(huán)境中的整個微生物群落作為研究的對象,不需對微生物進行分離培養(yǎng).廣州水體微生物測序分析

微生物鑒定的用途:醫(yī)療保?。簻?zhǔn)確、快速地鑒定細(xì)菌和寄生蟲,以進行正確和及時的疾病診斷。河南病毒宏基因組測序

隨著測序技術(shù)的發(fā)展,對微生物群(微生物組)的研究逐漸加深,研究熱點越來越多集中于環(huán)境和生物體相互作用的微生物群。加之測序成本降低,分析技術(shù)不斷提升,都使得宏基因組測序技術(shù)得到普遍應(yīng)用。為什么要做宏基因組:宏基因組相對16S來說其物種分辨率會更高,隨著物種測序完成越來越多,數(shù)據(jù)庫更加完善,在腸道菌群方面基本能實現(xiàn)97%以上的菌都能鑒定到種,90%以上到菌株層面。而且可以同時獲得除RNA病毒外的所有物種的分布。此外包括菌基因組CNV等方法的出現(xiàn),可以直接通過大規(guī)模宏基因組測序不只找到可能的菌,進一步還能鑒定出特定候選基因區(qū)段。河南病毒宏基因組測序

上海探普生物科技有限公司坐落于放鶴路1088號6號樓307,是集設(shè)計、開發(fā)、生產(chǎn)、銷售、售后服務(wù)于一體,醫(yī)藥健康的服務(wù)型企業(yè)。公司在行業(yè)內(nèi)發(fā)展多年,持續(xù)為用戶提供整套病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定的解決方案。本公司主要從事病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定領(lǐng)域內(nèi)的病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定等產(chǎn)品的研究開發(fā)。擁有一支研發(fā)能力強、成果豐碩的技術(shù)隊伍。公司先后與行業(yè)上游與下游企業(yè)建立了長期合作的關(guān)系。探普集中了一批經(jīng)驗豐富的技術(shù)及管理專業(yè)人才,能為客戶提供良好的售前、售中及售后服務(wù),并能根據(jù)用戶需求,定制產(chǎn)品和配套整體解決方案。上海探普生物科技有限公司通過多年的深耕細(xì)作,企業(yè)已通過醫(yī)藥健康質(zhì)量體系認(rèn)證,確保公司各類產(chǎn)品以高技術(shù)、高性能、高精密度服務(wù)于廣大客戶。歡迎各界朋友蒞臨參觀、 指導(dǎo)和業(yè)務(wù)洽談。