宏基因組學(xué)或元基因組（metagenomics），其定義為“Thecollectivegenomesofsoilmicroflora”。該學(xué)科可追溯到第1次提出環(huán)境基因組學(xué)的概念，在對太平洋浮游生物進行系統(tǒng)分類時構(gòu)建了第1個噬菌體文庫，并發(fā)現(xiàn)了15種全新的細菌序列。宏基因組學(xué)概念是“土壤中所有微生物基因組的總和”命名為土壤宏基因組，系統(tǒng)給出了宏基因組的概念，提出針對特定環(huán)境樣品中遺傳物質(zhì)總和進行非培養(yǎng)研究。對宏基因組進一步概括為“應(yīng)用現(xiàn)代的分子生物學(xué)技術(shù)直接從環(huán)境中獲取的目的微生物群落基因組，叫宏基因組”。病毒全基因組測序產(chǎn)品特點：基于PCR技術(shù)和抗原抗體技術(shù)的售后驗證平臺，致力于解決臨床的每一個疑問。宏基因組分析原理

宏基因組測序的挑戰(zhàn)：背景干擾，病原樣本深藏在大量宿主和其它微生物之內(nèi)，臨床病原常為起始量低，背景噪音大的復(fù)雜樣本，大量宿主信號掩蓋了微量病原信號，致使敏感性偏低，難以有效區(qū)分。另外，因為RNA病毒需先轉(zhuǎn)化為互補DNA(cDNA)再進行測序，因此病原宏基因組測序技術(shù)對RNA病原體檢出率比DNA病毒更低?？梢钥紤]對核酸樣本進行特殊的處理，對病毒序列進行特異性富集，再進行建庫測序。質(zhì)量控制：病原宏基因組測序技術(shù)涉及一系列繁瑣的實驗操作過程，例如文庫構(gòu)建涉及到基因組打斷，測序接頭鏈接，全基因組擴增等多個步驟，每一步驟的目標是要每個分子都以相同的效率執(zhí)行每個步驟，打斷有損失，連接有差別，擴增有偏好，都會帶來檢測誤差。上海土壤微生物測序分析上哪找對人和動物具有致病性的微生物稱為病原微生物，又稱病原體。

新發(fā)人畜共患病呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢，人類想要征服新發(fā)人畜共患病，就必須提前發(fā)掘潛在的新的致病的病原，并針對新病原進行基因組分析、流行病學(xué)調(diào)查、致病機制及疫苗開發(fā)等方面的研究。病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來研究特定環(huán)境中病毒的新興技術(shù)，該技術(shù)結(jié)合深度測序技術(shù)（第二代、第三代測序技術(shù)）已經(jīng)在人類、動物、特定環(huán)境中挖掘出大量的新病毒，該技術(shù)不依賴于病毒培養(yǎng)及病毒序列，在國內(nèi)外被普遍應(yīng)用于新發(fā)人畜共患病病原的挖掘與臨床診斷。就病毒宏基因組學(xué)在動物病毒研究中的應(yīng)用及研究進展進行了介紹。

病原宏基因組測序可與實時熒光定量PCR（RT-PCR）技術(shù)聯(lián)合使用，實現(xiàn)優(yōu)勢互補?！癛T-PCR由于其檢測速度快、操作流程簡單、成本較低的原因，更適用于大規(guī)模的篩查中，以便快速獲得是否為冠狀病毒核酸陽性的初步證據(jù)，而對于RT-PCR檢測陰性、但臨床表型高度疑似的患者，利用mNGS進一步確認可有效提高檢測結(jié)果的可靠性，并獲得是否有其他病原體傳染的信息。”對于RT-PCR檢測陽性的樣本，也可以進一步利用mNGS進行病毒全序列的分析，從而幫助獲得病毒是否發(fā)生變異的信息，為疫苗、藥物研發(fā)等方面提供可靠證據(jù)。高通量測序技術(shù)問世，給微生物鑒別打開一扇新的大門。

宏基因組是指特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和，宏基因組測序以特定環(huán)境中的整個微生物群落作為研究的對象，不需對微生物進行分離培養(yǎng)，而是提取環(huán)境微生物總DNA進行研究。其擺脫了傳統(tǒng)研究中微生物分離培養(yǎng)的技術(shù)限制，在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度，探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關(guān)系。目前，第二代高通量測序技術(shù)在宏基因組的研究上已被普遍應(yīng)用。第二代高通量測序平臺具有通量高、準確性高、速度快、信息全等特點，加快了宏基因組測序在鑒定低豐度的微生物群落，挖掘更多基因資源方面的應(yīng)用?？衫貌煌孜锂a(chǎn)生的不同代謝產(chǎn)物來間接檢測該微生物內(nèi)酶的有無，從而達到檢測特定微生物的目的。武漢微生物群體多樣性測序檢測

由于各種微生物所具有的酶系統(tǒng)不完全相同，對許多物質(zhì)的分解能力亦不一致。宏基因組分析原理

病毒宏基因組測序的流程：在探普生物進行病毒宏基因組測序的流程非常簡單，簡而言之，客戶只需要說清楚樣品情況，準備樣品即可，其他事宜都由探普來進行安排。大致流程如下：1)與銷售人員溝通項目需求和樣本情況；2)探普生物工作人員擬定項目合同，雙方協(xié)商合同內(nèi)容后簽字蓋章；3)按樣本準備指南準備好樣本，填寫信息單后通知銷售人員預(yù)訂干冰，安排樣本寄運輸；4)客戶支付項目啟動款，探普生物啟動項目實驗和分析并提供測序報告；5)客戶支付項目尾款，探普生物提交測序數(shù)據(jù)和分析結(jié)果；6)售后問題處理，項目結(jié)題。宏基因組分析原理

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