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北京微生物多樣性測序分析服務(wù)

來源: 發(fā)布時間:2022-04-01

病毒宏基因組測序研究案例:噬菌體是糞便病毒組的主要成員,糞便病毒組移植(FVT)或能有效的調(diào)節(jié)腸道菌群。在該項概念驗證試驗中發(fā)現(xiàn),接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后,飼喂高脂食物的小鼠體重增長變慢,同時還能保持正常的血糖指標(biāo),F(xiàn)VT引起的腸道菌群變化介導(dǎo)了這些保護(hù)性功能代謝作用。這項研究表明,F(xiàn)VT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關(guān)代謝類疾病。對噬菌體不造成損傷,大程度保證了病毒活性,適用于下游FVT研究。宏病毒組學(xué)(ViralMetagenomics)是宏基因組學(xué)的一個分支,但與傳統(tǒng)的宏基因組學(xué)概念不同,它是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上,結(jié)合病毒自身的特點,將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用到病毒學(xué)領(lǐng)域而形成的。病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規(guī)律和差異,通過大數(shù)據(jù)分析微生物群體的功能。北京微生物多樣性測序分析服務(wù)

狀病毒的發(fā)現(xiàn),病原宏基因組測序功不可沒:對一種新病毒進(jìn)行鑒定和檢測,其中非常關(guān)鍵的步驟就是獲得病毒的全基因組信息。在此次監(jiān)測和防控中,病原宏基因組測序發(fā)揮了至關(guān)重要的作用,利用其技術(shù)優(yōu)勢,研究人員在五天內(nèi)就鑒定并分析出的基因組,而2003年SARS的鑒定耗時5月余、2013年H7N9的鑒定耗時1月余。2019-nCoV為線性單鏈RNA(ssRNA)病毒,基因組全長包含29903個核苷酸,10個基因。病毒基因組序列為進(jìn)一步分析其傳染機(jī)理,傳播途徑,藥物靶點等提供了有利的支持。北京微生物多樣性測序分析服務(wù)病毒宏基因組測序可直接對樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序。

宏基因組測序:宏基因組測序是對人體樣本或特定環(huán)境樣品中的總核酸(DNA或RNA)進(jìn)行高通量測序,通過比對數(shù)據(jù)庫,得到傳染病原體的信息,能夠檢測出新發(fā)和罕見病原體,特別是在未知病原檢測中發(fā)揮了難以替代的作用,當(dāng)然宏基因組檢測方法也面臨不少挑戰(zhàn),檢測結(jié)果的靈敏度受宿主及其他微生物背景核酸的影響。高通量測序技術(shù)能夠提供準(zhǔn)確而科學(xué)的基因測序分析結(jié)果,為防控提供有力技術(shù)保障。科學(xué)家通過對病毒進(jìn)行全基因組測序,可以了解不同傳播階段的變異情況,推測病毒對人的傳染力的變化及傳播情況。

目前,構(gòu)建的病毒宏基因組學(xué)文庫主要有載體克隆文庫和基于高通量測序技術(shù)的加接頭的文庫。隨著深度測序技術(shù)的不斷發(fā)展,第二代高通量測序技術(shù)、第三代單分子測序技術(shù)已經(jīng)普遍地應(yīng)用于各項研究領(lǐng)域中,以454測序技術(shù)和Illumina測序技術(shù)為表示的二代測序法得到迅速推廣用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫,相信將來第三代測序平臺如tSMSTM(truesinglemolecularsequeneing)技術(shù)平臺、SMRT(singlemoleculereal-time)技術(shù)平臺、FRET測序技術(shù)及納米孔單分子技術(shù)為表示的第三代測序法也將應(yīng)用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫。Donaldson等[23]采用高通量測序技術(shù)構(gòu)建了蝙蝠腸道的病毒宏基因組學(xué)文庫,獲得了600000條讀長(Reads)的核酸序列。通過對樣本進(jìn)行宏病毒組測序,我們可以了解單個樣本里有什么病毒。

由于探普生物具備處理大量多樣的病毒樣本的經(jīng)驗,熟知各類病毒樣本的特性,因此對于樣本準(zhǔn)備有獨特的方法指南,這就為后續(xù)的分析結(jié)果打下了牢固的基礎(chǔ),減少了客戶和公司之間的摩擦,也幾乎沒有售后問題。獨有的實驗和分析流程可兼容高復(fù)雜度低濃度的病毒核酸。因此探普生物的病毒測序結(jié)果質(zhì)量有保障外還具備:樣本準(zhǔn)備簡單,商務(wù)流程通暢,回復(fù)消息及時,反饋處理迅速等優(yōu)點。我國經(jīng)濟(jì)進(jìn)入“新常態(tài)”,總體上推動["病毒測序","病毒全基因組測序","病毒宏基因組測序","未知病原鑒定"]從粗放式增長向注重質(zhì)量、效率方向轉(zhuǎn)變。病原微生物二代測序,也稱宏基因組測序(mNGS)。杭州病毒多樣性分析哪家好

病毒宏基因組測序需要客戶配合完成合格的取樣步驟和樣本前處理步驟。北京微生物多樣性測序分析服務(wù)

宏基因組應(yīng)用:特定生物種基因組研究使人們的認(rèn)識單元實現(xiàn)了從單一基因到聚合基因的轉(zhuǎn)變,宏基因組研究將使人們擺脫物種界限,揭示更高更復(fù)雜層次上的生命運動規(guī)律。在目前的基因結(jié)構(gòu)功能認(rèn)識和基因操作技術(shù)背景下,細(xì)菌宏基因組成為研究和開發(fā)的主要對象。細(xì)菌宏基因組細(xì)菌人工染色體文庫篩選和基因系統(tǒng)學(xué)分析使研究者能更有效地開發(fā)細(xì)菌基因資源,更深入地洞察細(xì)菌多樣性。如宏基因組成為生物催化劑的新來源。病毒宏基因組測序是指通過高通量測序?qū)φ麄€環(huán)境中的病毒進(jìn)行研究,以獲得單個樣品的飽和數(shù)據(jù)量,可進(jìn)行病毒群體的物種分類、復(fù)雜度分析、群體結(jié)構(gòu)分析、功能注釋、樣品間的病毒種類或基因差異分析。宏基因組測序研究擺脫了對病毒分離培養(yǎng)的限制,為環(huán)境中各種病毒的研究提供了有效工具,并可以通過宏基因組深度測序挖掘具有應(yīng)用價值的基因資源。北京微生物多樣性測序分析服務(wù)

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