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腸道微生物多樣性分析服務(wù)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-03-31

在傳統(tǒng)的診斷檢測(cè)中,對(duì)病原體的診斷檢測(cè)是通過(guò)體外培養(yǎng)的方式進(jìn)行,但是不同微生物的培養(yǎng)條件不一樣;不同的微生物的培養(yǎng)技術(shù)要求也不一樣;同時(shí),體外培養(yǎng)受時(shí)間、空間和培養(yǎng)技術(shù)人員的限制。宏基因組分析技術(shù)是一種新型的病源體診斷檢測(cè)技術(shù),可以在不通過(guò)任何培養(yǎng)過(guò)程的條件下,通過(guò)基因序列的比對(duì),發(fā)現(xiàn)和鑒別罕見(jiàn)病源體引起的疾病,從而針對(duì)性地使用藥物,使病源微生物傳染所形成的疾病的準(zhǔn)確、高效。元基因組(宏基因組)學(xué)研究不要求對(duì)每個(gè)微生物進(jìn)行分離、純化和培養(yǎng),而是直接從樣品中提取基因組DNA后進(jìn)行測(cè)序分析。通過(guò)元基因組測(cè)序,能夠揭示微生物群落多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性及環(huán)境之間的相互協(xié)作關(guān)系,極大地?cái)U(kuò)展了微生物學(xué)的研究范圍。宏基因組測(cè)序技術(shù),克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術(shù)限制。腸道微生物多樣性分析服務(wù)

宏基因組是指特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和。宏基因組測(cè)序以特定環(huán)境中的整個(gè)微生物群落作為研究的對(duì)象,不需對(duì)微生物進(jìn)行分離培養(yǎng),而是提取環(huán)境微生物總DNA進(jìn)行研究。其擺脫了傳統(tǒng)研究中微生物分離培養(yǎng)的技術(shù)限制,在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度,探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關(guān)系。目前,第二代高通量測(cè)序技術(shù)在宏基因組的研究上已被普遍應(yīng)用。第二代高通量測(cè)序平臺(tái)具有通量高、準(zhǔn)確性高、速度快、信息全等特點(diǎn),加快了宏基因組測(cè)序在鑒定低豐度的微生物群落,挖掘更多基因資源方面的應(yīng)用。腸道微生物多樣性分析服務(wù)隨著數(shù)據(jù)庫(kù)日趨完善,對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序以后,我們將獲得越來(lái)越豐富的信。

宏基因組測(cè)序?qū)Νh(huán)境樣本所有微生物基因組DNA進(jìn)行提取和高通量測(cè)序,分析樣本環(huán)境中所有微生物基因組信息。宏基因組測(cè)序解讀微生物群體的多樣性與豐度信息,分析微生物群體基因組及功能,也探求微生物與環(huán)境、微生物與宿主之間的關(guān)系,發(fā)掘和研究新的功能基因。生物信息分析內(nèi)容1.測(cè)序質(zhì)量分析與統(tǒng)計(jì)、評(píng)估;2.數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì);3.物種豐度分析;4.功能基因注釋;5.基因功能豐度差異分析;6.Pathway富集分析;7.豐度差異基因/物種聚類分析;8.PCA分析。

宏基因組測(cè)序的挑戰(zhàn):背景干擾:病原樣本深藏在大量宿主和其它微生物之內(nèi),臨床病原常為起始量低,背景噪音大的復(fù)雜樣本,大量宿主信號(hào)掩蓋了微量病原信號(hào),致使敏感性偏低,難以有效區(qū)分。另外,因?yàn)镽NA病毒需先轉(zhuǎn)化為互補(bǔ)DNA(cDNA)再進(jìn)行測(cè)序,因此病原宏基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)RNA病原體檢出率比DNA病毒更低??梢钥紤]對(duì)核酸樣本進(jìn)行特殊的處理,對(duì)病毒序列進(jìn)行特異性富集,再進(jìn)行建庫(kù)測(cè)序。質(zhì)量控制:病原宏基因組測(cè)序技術(shù)涉及一系列繁瑣的實(shí)驗(yàn)操作過(guò)程,例如文庫(kù)構(gòu)建涉及到基因組打斷,測(cè)序接頭鏈接,全基因組擴(kuò)增等多個(gè)步驟,每一步驟的目標(biāo)是要每個(gè)分子都以相同的效率執(zhí)行每個(gè)步驟,打斷有損失,連接有差別,擴(kuò)增有偏好,都會(huì)帶來(lái)檢測(cè)誤差。病毒宏基因組學(xué)已經(jīng)應(yīng)用到人類、動(dòng)物和環(huán)境中。

基因測(cè)序技術(shù)在此次中起到了至關(guān)重要的作用,我國(guó)科研單位在一個(gè)月之內(nèi)迅速發(fā)現(xiàn)了正確的致病病毒并完成測(cè)序,得到了WHO的贊許。我國(guó)科學(xué)研究者對(duì)病毒序列、變異、核酸檢測(cè)手段的分享也為全世界應(yīng)對(duì)COVID-19帶來(lái)了極有力的支持。在病毒檢測(cè)過(guò)程中,一種測(cè)序技術(shù)獲得了市場(chǎng)的普遍關(guān)注,這個(gè)技術(shù)就是宏基因組測(cè)序(mNGS)技術(shù)。宏基因組學(xué)(Metagenomics),是以特定環(huán)境樣品中整個(gè)微生物群落基因組作為研究對(duì)象,無(wú)需分離培養(yǎng),直接提取環(huán)境樣本的DNA進(jìn)行高通量測(cè)序。對(duì)于臨床而言,mNGS可以準(zhǔn)確的分析患者樣本全部微生物,這一點(diǎn)對(duì)于傳染性疾病的病原體研究具有極高的應(yīng)用價(jià)值。DNA宏基因組測(cè)序已被用于診斷各種臨床傳染性疾病。山東宏基因組測(cè)序找哪家

病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規(guī)律和差異,通過(guò)大數(shù)據(jù)分析微生物群體的功能。腸道微生物多樣性分析服務(wù)

病毒宏基因組學(xué):是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上,結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)而興起的一個(gè)新的學(xué)科分支,是某類樣本中所有病毒(virus)或病毒類似物(virus-like-particle)及其所攜帶遺傳信息的總稱。宏病毒組直接以環(huán)境中所有病毒的遺傳物質(zhì)為研究對(duì)象,能夠快速準(zhǔn)確的鑒定出環(huán)境中所有的病毒組成,在病毒發(fā)現(xiàn)、病毒溯源、微生物預(yù)警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可應(yīng)用于人或動(dòng)物腸道或者血液樣本、海洋、土壤等的研究,用以挖掘潛在的對(duì)人類和環(huán)境的危害。腸道微生物多樣性分析服務(wù)

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