相比于qPCR,dPCR在轉(zhuǎn)基因檢測(cè)中具有以下優(yōu)勢(shì):(1)檢測(cè)靈敏度高:理論上dPCR的靈敏度可達(dá)1個(gè)拷貝,而實(shí)際應(yīng)用中dPCR的小檢出限和比較低定量限數(shù)值非常接近,所以dPCR可以在非常低的目標(biāo)拷貝數(shù)下得到精確的結(jié)果;通常轉(zhuǎn)基因比參考基因(內(nèi)源基因)濃度低很多;(2)前處理簡(jiǎn)單且受基質(zhì)成分干擾較?。篸PCR反應(yīng)效率和精密度受到食品基質(zhì)成分干擾影響較小,可應(yīng)用于混合基質(zhì)樣品中低豐度DNA的檢測(cè);(3)dPCR對(duì)抑制劑的敏感性較低:由于dPCR結(jié)果表示為“有熒光“或“無(wú)熒光”,即使存在抑制劑降低了熒光強(qiáng)度仍可以表示為“有熒光;(4)適合多重轉(zhuǎn)基因檢測(cè):食品或飼料提取的DNA中可能包含多種轉(zhuǎn)基因片段,可以進(jìn)行多重dPCR檢測(cè),提高分析效率。同時(shí),dPCR可以直接溯源至SI國(guó)際單位制摩爾,適合單一、雙重及多重轉(zhuǎn)基因標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)研究,一次可識(shí)別不同的轉(zhuǎn)基因區(qū)域。下面詳細(xì)進(jìn)行說明。dPCR在轉(zhuǎn)基因檢測(cè)方面的應(yīng)用仍處于研究和探索的階段。深圳醫(yī)療系統(tǒng)認(rèn)證數(shù)字PCR
dPCR在使用過程中需要特別注意體積誤差造成的結(jié)果偏差。體積誤差對(duì)于測(cè)量拷貝數(shù)濃度會(huì)產(chǎn)生偏差。目前dPCR中體積優(yōu)化方法以光學(xué)顯微鏡觀測(cè)為主。分散體積的差異會(huì)增加拷貝數(shù)結(jié)果的不確定性,Emslie等使用光學(xué)顯微鏡縱向拍照比較圖片邊緣的微小差異,考察了數(shù)字PCR系統(tǒng)中每個(gè)微孔內(nèi)和孔與孔間的體積差異對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響程度。Corbisier等使用微滴數(shù)字PCR對(duì)6種不同質(zhì)量分?jǐn)?shù)棉籽粉質(zhì)粒DNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)[ERM-AD623a-f,濃度范圍(10~10)copies/ul]進(jìn)行分析,優(yōu)化了液滴體積得到相應(yīng)校正因子,并使用該校正因子發(fā)現(xiàn)并校準(zhǔn)了運(yùn)行軟件中液滴體積不變的假設(shè)而引起的數(shù)據(jù)偏離,數(shù)據(jù)結(jié)果的一致性有明顯提高。蘇州一體化數(shù)字PCR油滴制造數(shù)字PCR適用于依靠Ct值不能很好分辨的應(yīng)用領(lǐng)域。
根據(jù)泊松分布的定義和適用條件可知,如果我們?cè)O(shè)微液滴總數(shù)為N,投入的靶序列拷貝數(shù)為M,那么“每個(gè)微液滴中的靶序列拷貝數(shù)”的概率分布是近似滿足泊松分布的。理解之前,首先要明確一點(diǎn),在檢測(cè)的過程中,并不是說一個(gè)樣本中檢測(cè)到了幾個(gè)亮點(diǎn),這個(gè)反應(yīng)當(dāng)中就有幾個(gè)目標(biāo)基因的拷貝。因?yàn)槟繕?biāo)基因的片段,在微滴當(dāng)中的分布,是符合泊松分布的(也就是說進(jìn)不進(jìn)的概率相等,并且相互獨(dú)立)。所以,一個(gè)發(fā)光的微滴中,可能有一個(gè)或者三個(gè)四個(gè),甚至更多個(gè)目標(biāo)基因的拷貝。因此,發(fā)光的微滴數(shù)與原始的基因拷貝數(shù)并不是一對(duì)一的對(duì)應(yīng)關(guān)系。
數(shù)字PCR實(shí)驗(yàn)步驟包括:1)試劑配制:將10xdPCRBuffer、dPCR酶、引物和探針、無(wú)核酸酶水混合成dPCR預(yù)混液,并分裝到8聯(lián)排管中或96孔板中;將各待測(cè)樣本的核酸模板、陽(yáng)性對(duì)照、陰性對(duì)照分別加入相應(yīng)的8聯(lián)排管中或96孔板中;2)芯片進(jìn)樣:在小海龜BioDigital·青全自動(dòng)樣品處理系統(tǒng)上進(jìn)行芯片上反應(yīng)液進(jìn)樣和液滴生成;3)芯片擴(kuò)增:在小海龜BioDigital·青PCR擴(kuò)增儀上進(jìn)行芯片上PCR擴(kuò)增反應(yīng);4)芯片閱讀:在小海龜BioDigital·青生物芯片閱讀儀上進(jìn)行芯片上熒光信號(hào)閱讀;5)數(shù)據(jù)分析:使用生物芯片數(shù)據(jù)分析·青軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析和報(bào)告導(dǎo)出;3D數(shù)字PCR是基于納米流體芯片進(jìn)行檢測(cè),通過一次檢測(cè),將樣品分到數(shù)千個(gè)單獨(dú)的PCR。
目前dPCR主要有兩種形式,芯片式和液滴式,但基本原理都是將大量稀釋后的核酸溶液分散至芯片的微反應(yīng)器或微滴中,每個(gè)反應(yīng)器的核酸模板數(shù)少于或者等于1個(gè)。這樣經(jīng)過PCR循環(huán)之后,有一個(gè)核酸分子模板的反應(yīng)器就會(huì)給出熒光信號(hào),沒有模板的反應(yīng)器就沒有熒光信號(hào)。根據(jù)相對(duì)比例和反應(yīng)器的體積,就可以推算出原始溶液的核酸濃度??梢允褂脦追N不同的方法來分配樣品,包括微孔板,毛細(xì)管,油乳劑和帶有核酸結(jié)合表面的小型化腔室陣列。樣品的分配使人們可以通過假設(shè)分子種群遵循泊松分布來估計(jì)不同分子的數(shù)量,根據(jù)泊松分布的原理,反應(yīng)體系中目標(biāo)分子的拷貝數(shù)可以通過公式A=-ln[(N-X)/N]*N計(jì)算,從而解決了多個(gè)目標(biāo)分子存在于單個(gè)液滴中的可能性。目前dPCR中體積優(yōu)化方法以光學(xué)顯微鏡觀測(cè)為主。華南地區(qū)全自動(dòng)多重?cái)?shù)字PCR分析應(yīng)用
相較于qPCR,數(shù)字PCR可讓你能夠直接數(shù)出DNA分子的個(gè)數(shù),是對(duì)起始樣品的定量。深圳醫(yī)療系統(tǒng)認(rèn)證數(shù)字PCR
3D數(shù)字PCR為液體活檢提供技術(shù)支持液體活檢是一種非侵入性的檢測(cè)基因及臨床效果的一種方法,目前可能正在開展有關(guān)3D數(shù)字PCR在在液體活檢中的療效,為后期臨床提供更多可靠的指導(dǎo)作用。報(bào)道稱“無(wú)創(chuàng)傷性肺檢測(cè)技術(shù)即將登陸中國(guó)”。隨著基因檢測(cè)技術(shù),如類似3D數(shù)字PCR技術(shù)的發(fā)展,推動(dòng)我們將進(jìn)入了“DNA的應(yīng)用商城”這樣的新時(shí)代,如23andme、華大基因等專業(yè)的檢測(cè)服務(wù)機(jī)構(gòu),提供更加專業(yè)的基因檢測(cè)結(jié)果,經(jīng)基因報(bào)告解讀師或遺傳咨詢師進(jìn)行通俗的解讀,讓我們每一個(gè)人都能夠了解自己的基因,擁有自己的“生命之書”,讓我們更加健康的生活。精細(xì)醫(yī)療其實(shí)本質(zhì)是應(yīng)用生物學(xué)信息與大數(shù)據(jù)科學(xué)的交叉發(fā)展的新型醫(yī)學(xué)概念與醫(yī)療模式。對(duì)于精細(xì)醫(yī)療,重點(diǎn)在于“精細(xì)”,不僅只是簡(jiǎn)單的基因測(cè)序如此簡(jiǎn)單,更需要精細(xì)的診斷與精細(xì)的。深圳醫(yī)療系統(tǒng)認(rèn)證數(shù)字PCR
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