二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異①
**患者
優(yōu)勢:對于**患者,二代測序技術(shù)準(zhǔn)確性相對較高,在**的診斷、***及監(jiān)測等方面應(yīng)用***。比如肺*患者,通過檢測**組織或血液中的基因突變,可準(zhǔn)確找到如EGFR、ALK等驅(qū)動基因突變,為靶向***提供依據(jù),其準(zhǔn)確率通常在90%以上。在軟組織**中,二代測序能檢測到**組織的基因信息,包括突變基因、基因表達情況等,幫助醫(yī)生更準(zhǔn)確地診斷病情,并制定個性化的***方案。
局限性:腫瘤細胞的異質(zhì)性會影響檢測準(zhǔn)確性,若樣本中腫瘤細胞比例低或存在多種類型細胞,可能導(dǎo)致部分基因突變漏檢,影響對**基因組全貌的評估。此外,血液樣本中循環(huán)**DNA含量低且釋放不穩(wěn)定,也會使檢測結(jié)果存在波動,影響準(zhǔn)確性 二代測序可以檢測基因嗎?蘇州哪里有二代測序原理
二代測序的應(yīng)用領(lǐng)域有哪些?
基因組學(xué)研究:用于全基因組測序,快速獲取物種的基因組序列信息,研究基因組結(jié)構(gòu)、變異、進化等;進行全外顯子組測序,重點關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域,發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的基因突變。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究:通過對轉(zhuǎn)錄組進行測序,可分析基因的表達水平、可變剪接、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等,有助于深入了解基因在不同生理和病理狀態(tài)下的表達調(diào)控機制。
疾病診斷與***:在遺傳病診斷中,能夠檢測出導(dǎo)致遺傳病的基因突變,為疾病的診斷、遺傳咨詢和產(chǎn)前診斷提供依據(jù);在**研究中,可分析腫瘤細胞的基因突變、拷貝數(shù)變異、基因融合等,為**的早期診斷、靶向***和預(yù)后評估提供支持。
藥物研發(fā):用于藥物靶點的發(fā)現(xiàn)和驗證,通過分析疾病相關(guān)的基因變異和表達變化,確定潛在的藥物作用靶點;還可進行藥物基因組學(xué)研究,預(yù)測患者對藥物的反應(yīng)和不良反應(yīng),實現(xiàn)個體化藥物***。
微生物學(xué)研究:對微生物群落進行宏基因組測序,無需培養(yǎng)即可分析微生物的種類、豐度和功能基因,了解微生物群落的結(jié)構(gòu)和動態(tài)變化,研究微生物與宿主的相互作用,以及在環(huán)境科學(xué)、農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的應(yīng)用
江蘇嘉安健達二代測序公司宏基因組測序也是二代測序。
不同二代測序技術(shù)平臺的速度
Illumina 測序平臺:這是目前市場上應(yīng)用較為***的二代測序平臺之一,其測序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長,能夠滿足大規(guī)模基因組學(xué)研究和臨床檢測的需求。
Roche 454 測序平臺:Roche 454 測序系統(tǒng)的測序速度也較快,其特點是測序片段比較長,高質(zhì)量的讀長能達到 400bp 左右,一次運行可以在 24 小時左右完成對一定數(shù)量樣本的測序。
BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn),為快速測序提供了有力支持
什么樣本可以做二代測序?①
1、血液樣本
全血:這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細胞,其細胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過提取白細胞中的DNA,可以進行全基因組測序、全外顯子組測序等。例如,在遺傳病的基因診斷中,抽取患者的全血,提取DNA后,對與疾病相關(guān)的基因或整個外顯子組進行測序,以尋找致病突變。
血漿/血清:其中含有游離的DNA(cfDNA)和RNA(cfRNA)。在**患者中,腫瘤細胞會釋放其DNA片段進入血液循環(huán),這些cfDNA被稱為循環(huán)**DNA(ctDNA)。通過對血漿中的ctDNA進行測序,可以實現(xiàn)**的早期篩查、***過程中的動態(tài)監(jiān)測等。例如,對于肺*患者,檢測血漿中的ctDNA來追蹤**的基因突變情況,為靶向***提供依據(jù)。 二代測序是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來的DNA測序技術(shù)。
二代測序技術(shù)的一些***研究進展②
植物基因組學(xué)研究領(lǐng)域 :
花生四倍體野生種基因組測序:河南農(nóng)業(yè)大學(xué)殷冬梅教授團隊和上海交通大學(xué)韋朝春教授團隊聯(lián)合發(fā)布了花生四倍體野生種近乎完整基因組 amon2.0 版本。該研究結(jié)合 ONT 超長讀段、二代測序和 Hi-C 等多種測序技術(shù),使基因組的連續(xù)性、完整性和準(zhǔn)確性都得到了顯著提高,為花生的遺傳馴化和分子育種提供了重要的基因組數(shù)據(jù)信息資源。
長雄野生稻基因組解析:中科院昆明動物所王文研究組與云南省農(nóng)科院糧食作物研究所胡鳳益研究組等中外機構(gòu)合作,利用二代測序技術(shù)成功組裝出高質(zhì)量的長雄野生稻基因組,并對其與近緣物種的分歧時間、基因的收縮擴張等進行了分析,還鑒定出一批可能影響地下莖以及自交不親和性狀的候選基因及代謝途徑,為解析相關(guān)分子機制提供了重要線索。 二代測序與Sanger測序相同嗎?山西二代測序應(yīng)用
二代測序的優(yōu)勢是高靈敏度。蘇州哪里有二代測序原理
二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異③
孕婦及胎兒
優(yōu)勢:無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)是二代測序技術(shù)用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應(yīng)用,對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準(zhǔn)確率分別能達到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統(tǒng)血清學(xué)篩查。
局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細胞,可能與胎兒實際情況不一致,導(dǎo)致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,造成假陰性510. 蘇州哪里有二代測序原理