二代測序——基因組測序該測幾個G？②

人類全外顯子組測序

人類全外顯子組*占基因組的1%-2%，大小約為30M-60M左右，但通常需要較高的測序深度來確保外顯子區(qū)域的變異檢測準確性，一般測序深度在100X-200X之間，數(shù)據(jù)量大約在3G-12G左右。全外顯子組測序主要關注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，能夠高效地檢測出與疾病相關的基因突變，常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。

動植物基因組測序

常見動植物：對于一些常見的動植物物種，如水稻、小鼠等，其基因組大小與人類基因組相近或更小。全基因組測序時，測序深度一般在10X-30X左右，數(shù)據(jù)量在30G-90G之間。如果是進行重測序或特定性狀相關的研究，測序深度可根據(jù)具體情況適當調(diào)整。

復雜基因組的動植物：部分動植物的基因組較大且復雜，例如某些魚類、植物的多倍體物種等，其基因組大小可能達到數(shù)G甚至數(shù)十G。對于這類物種的全基因組測序，測序深度可能在5X-10X左右，數(shù)據(jù)量也會因基因組大小而異，從幾十G到數(shù)百G不等。 宏基因組測序也是二代測序。黑龍江二代測序應用

二代測序技術在不同人群中的準確性有何差異③

孕婦及胎兒

優(yōu)勢：無創(chuàng)產(chǎn)前篩查（NIPT）是二代測序技術用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應用，對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準確率分別能達到95%、85%、75%以上，明顯高于傳統(tǒng)血清學篩查。

局限性：孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細胞，可能與胎兒實際情況不一致，導致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等，會使外周血中游離DNA含量過高，掩蓋胎兒來源的游離DNA，造成假陰性510. 廣東嘉安健達二代測序價格二代測序的優(yōu)勢是高通量。

二代測序技術的一些***研究進展②

植物基因組學研究領域 ：

花生四倍體野生種基因組測序：河南農(nóng)業(yè)大學殷冬梅教授團隊和上海交通大學韋朝春教授團隊聯(lián)合發(fā)布了花生四倍體野生種近乎完整基因組 amon2.0 版本。該研究結合 ONT 超長讀段、二代測序和 Hi-C 等多種測序技術，使基因組的連續(xù)性、完整性和準確性都得到了顯著提高，為花生的遺傳馴化和分子育種提供了重要的基因組數(shù)據(jù)信息資源。

長雄野生稻基因組解析：中科院昆明動物所王文研究組與云南省農(nóng)科院糧食作物研究所胡鳳益研究組等中外機構合作，利用二代測序技術成功組裝出高質(zhì)量的長雄野生稻基因組，并對其與近緣物種的分歧時間、基因的收縮擴張等進行了分析，還鑒定出一批可能影響地下莖以及自交不親和性狀的候選基因及代謝途徑，為解析相關分子機制提供了重要線索。

二代測序的建庫步驟②

二、片段化處理

物理方法：超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如，在一些文庫構建中，將DNA樣本置于超聲破碎儀中，通過調(diào)整超聲功率和時間，可以將DNA片段化到幾百堿基對（bp）的長度范圍，一般在150-300bp左右，這符合二代測序的讀長要求。超聲破碎的優(yōu)點是片段大小比較均勻，但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù)，否則可能會導致過度破碎或片段大小不一致。

酶切方法：利用限制性內(nèi)切酶進行片段化。限制性內(nèi)切酶能夠識別特定的DNA序列，并在這些序列處切割DNA。例如，用EcoRⅠ酶可以識別GAATTC序列并進行切割。通過選擇合適的限制性內(nèi)切酶組合，可以將DNA切割成期望大小的片段。不過，這種方法的局限性在于酶切位點的限制，可能無法獲得理想的片段大小分布，而且可能會引入酶切偏好性。 二代測序需要多久才能完成？

二代測序——轉錄組測序的應用領域

1、基礎生物學研究：可以用于研究生物的發(fā)育過程。例如，在胚胎發(fā)育過程中，通過轉錄組測序可以了解不同階段胚胎細胞中基因的表達變化，揭示胚胎發(fā)育的分子機制。還可以用于物種進化研究，比較不同物種間轉錄組的差異，推斷基因表達的進化模式。

2、醫(yī)學研究和臨床診斷：在疾病研究方面，用于尋找疾病相關的生物標志物。例如，在**研究中，通過對比**組織和正常組織的轉錄組，可以發(fā)現(xiàn)一些在**中特異性高表達或低表達的基因，這些基因有望成為**診斷、預后判斷的標志物。同時，也可以用于藥物研發(fā)，通過轉錄組測序了解藥物作用后細胞基因表達的變化，評估藥物療效和毒性。

3、農(nóng)業(yè)和植物學研究：在作物育種中，可以研究不同品種作物在抗逆性（如抗旱、抗寒、抗病）等方面的基因表達差異，為培育優(yōu)良品種提供理論依據(jù)。在植物生長發(fā)育研究中，分析植物在不同生長環(huán)境和生長階段的轉錄組變化，了解植物***等因素對植物生長的調(diào)控機制。 二代測序與Sanger測序相同嗎？廣東哪里有二代測序提供

擴增子測序是二代測序嗎？黑龍江二代測序應用

什么樣本可以做二代測序？②

組織樣本

新鮮組織：如手術切除的**組織、活檢組織等。新鮮組織樣本中的細胞完整性較好，能夠提供高質(zhì)量的DNA和RNA。在**研究中，對新鮮**組織進行全基因組測序、轉錄組測序等，可以深入了解**的基因突變、基因表達變化等情況。例如，在研究結直腸*的發(fā)病機制時，對手術切除的結直腸*組織及其*旁組織進行測序，比較兩者之間的差異，以發(fā)現(xiàn)**相關的基因變異和表達調(diào)控異常。

福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織：這是臨床上常用的保存組織樣本的方式。FFPE組織中的DNA和RNA會有一定程度的損傷和降解，但經(jīng)過適當?shù)奶崛『托迯吞幚砗螅匀豢梢杂糜诙鷾y序。在回顧性研究中，大量的FFPE組織存檔樣本可以被利用起來。例如，對多年前保存的乳腺*FFPE組織進行測序，研究乳腺*的疾病進展和***反應相關的基因變化。 黑龍江二代測序應用

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