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④二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?
4、數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜程度
數(shù)據(jù)分析是二代測(cè)序的重要環(huán)節(jié)。簡(jiǎn)單的分析,如檢測(cè)已知的單核苷酸多態(tài)性(SNP),可以通過(guò)與參考基因組比對(duì)后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進(jìn)行復(fù)雜的分析,如尋找新的基因融合事件、復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)或者進(jìn)行從頭組裝(denovoassembly),則需要更復(fù)雜的算法和更多的計(jì)算資源,花費(fèi)的時(shí)間可能從數(shù)天到數(shù)周。例如,對(duì)于常規(guī)的SNP檢測(cè)和注釋?zhuān)瑪?shù)據(jù)分析可能在1-3天內(nèi)完成;而對(duì)于**樣本中復(fù)雜的基因融合分析,可能需要3-7天甚至更長(zhǎng)時(shí)間來(lái)確保結(jié)果的準(zhǔn)確性。 二代測(cè)序的過(guò)程有哪些?四川哪里有二代測(cè)序公司
二代測(cè)序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異④
***性疾病患者
優(yōu)勢(shì):病原學(xué)二代測(cè)序可準(zhǔn)確檢測(cè)病原體的基因序**定病原體種類(lèi)和基因型,為***性疾病的診斷和***提供依據(jù),在檢測(cè)罕見(jiàn)病原體、病毒***等方面具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì),有助于快速明確診斷,尤其是對(duì)于一些傳統(tǒng)檢測(cè)方法難以診斷的***性疾病,如不明原因的發(fā)熱、肺炎、腦膜炎等。
局限性:對(duì)于低豐度病原體,可能出現(xiàn)假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果。樣本質(zhì)量、測(cè)序深度和數(shù)據(jù)分析方法等因素也會(huì)影響準(zhǔn)確性,若樣本中病原體含量低或雜質(zhì)多,可能導(dǎo)致檢測(cè)失敗或結(jié)果不準(zhǔn)確 黑龍江嘉安健達(dá)二代測(cè)序檢測(cè)二代測(cè)序產(chǎn)出的數(shù)據(jù)量有多少?
什么樣本可以做二代測(cè)序?②
組織樣本
新鮮組織:如手術(shù)切除的**組織、活檢組織等。新鮮組織樣本中的細(xì)胞完整性較好,能夠提供高質(zhì)量的DNA和RNA。在**研究中,對(duì)新鮮**組織進(jìn)行全基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等,可以深入了解**的基因突變、基因表達(dá)變化等情況。例如,在研究結(jié)直腸*的發(fā)病機(jī)制時(shí),對(duì)手術(shù)切除的結(jié)直腸*組織及其*旁組織進(jìn)行測(cè)序,比較兩者之間的差異,以發(fā)現(xiàn)**相關(guān)的基因變異和表達(dá)調(diào)控異常。
福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織:這是臨床上常用的保存組織樣本的方式。FFPE組織中的DNA和RNA會(huì)有一定程度的損傷和降解,但經(jīng)過(guò)適當(dāng)?shù)奶崛『托迯?fù)處理后,仍然可以用于二代測(cè)序。在回顧性研究中,大量的FFPE組織存檔樣本可以被利用起來(lái)。例如,對(duì)多年前保存的乳腺*FFPE組織進(jìn)行測(cè)序,研究乳腺*的疾病進(jìn)展和***反應(yīng)相關(guān)的基因變化。
二代測(cè)序—全外顯子測(cè)序的優(yōu)勢(shì)
針對(duì)性強(qiáng):它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域,這部分區(qū)域雖然只占整個(gè)基因組的 1 - 2% 左右,但包含了大部分與疾病相關(guān)的突變。例如,在研究孟德?tīng)栠z傳病時(shí),很多致病突變都位于外顯子區(qū)域,通過(guò)全外顯子測(cè)序可以更高效地找到這些突變。
成本效益高:相比于全基因組測(cè)序,全外顯子測(cè)序的成本相對(duì)較低。因?yàn)樗恍枰獙?duì)整個(gè)基因組(包括大量的非編碼區(qū)域)進(jìn)行測(cè)序,在一定程度上減少了數(shù)據(jù)量和測(cè)序成本,同時(shí)又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。 高通量測(cè)序是二代測(cè)序嗎?
關(guān)于二代測(cè)序的簡(jiǎn)介:
二代測(cè)序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱(chēng)為高通量測(cè)序技術(shù),是一種能夠同時(shí)對(duì)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè) DNA片段進(jìn)行測(cè)序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測(cè)序相比二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢(shì)。
二代測(cè)序技術(shù)在大幅提高了測(cè)序速度的同時(shí),大幅度的降低了測(cè)序成本,保持了高準(zhǔn)確性,以前完成一個(gè)人類(lèi)基因組的測(cè)序需要3年時(shí)間,而使用二代測(cè)序技術(shù)則需要1周,但其序列讀長(zhǎng)方面比起一代測(cè)序技術(shù)則要短很多,大多只100bp-150bp。
一代和二代測(cè)序的區(qū)別??jī)?nèi)蒙古嘉安健達(dá)二代測(cè)序提供
二代測(cè)序又可以稱(chēng)之為什么?四川哪里有二代測(cè)序公司
不同二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)的速度
Illumina 測(cè)序平臺(tái):這是目前市場(chǎng)上應(yīng)用較為***的二代測(cè)序平臺(tái)之一,其測(cè)序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長(zhǎng),能夠滿足大規(guī)?;蚪M學(xué)研究和臨床檢測(cè)的需求。
Roche 454 測(cè)序平臺(tái):Roche 454 測(cè)序系統(tǒng)的測(cè)序速度也較快,其特點(diǎn)是測(cè)序片段比較長(zhǎng),高質(zhì)量的讀長(zhǎng)能達(dá)到 400bp 左右,一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對(duì)一定數(shù)量樣本的測(cè)序。
BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測(cè)序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測(cè)序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn),為快速測(cè)序提供了有力支持 四川哪里有二代測(cè)序公司
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