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內(nèi)蒙古嘉安健達(dá)二代測序價(jià)格

來源: 發(fā)布時(shí)間:2024-12-14

②二代測序一般多久出結(jié)果?

2、測序平臺和通量

不同的二代測序平臺有不同的通量(一次能測序的樣本數(shù)量和數(shù)據(jù)量)和測序速度。一些高通量的測序平臺,如IlluminaNovaSeq系列,能夠在較短時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。但如果使用的是通量較低的小型測序儀,或者測序儀的運(yùn)行時(shí)間被多個(gè)項(xiàng)目分配,都會影響結(jié)果產(chǎn)出的時(shí)間。例如,在高通量平臺上進(jìn)行全基因組測序,測序運(yùn)行時(shí)間可能在2-7天左右,具體取決于測序深度等因素。而對于一些小型臺式測序儀進(jìn)行靶向基因測序,運(yùn)行時(shí)間可能在1-3天。 二代測序的原理是什么?內(nèi)蒙古嘉安健達(dá)二代測序價(jià)格

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什么樣本可以做二代測序?③

細(xì)胞樣本

培養(yǎng)細(xì)胞:包括各種原代培養(yǎng)細(xì)胞和細(xì)胞系。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中,對培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行測序可以了解細(xì)胞的基因特征和功能變化。例如,在研究細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路時(shí),對經(jīng)過特定刺激處理的培養(yǎng)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,以分析基因表達(dá)的上調(diào)或下調(diào)情況。

脫落細(xì)胞:如痰液中的脫落細(xì)胞、尿液中的脫落細(xì)胞等。這些細(xì)胞可以用于某些疾病的篩查。例如,在肺*篩查中,對痰液中的脫落細(xì)胞進(jìn)行基因檢測,通過二代測序?qū)ふ曳?相關(guān)的基因突變,作為一種非侵入性的檢測方法。 江西嘉安健達(dá)二代測序價(jià)格二代測序常用于醫(yī)學(xué)篩查或診斷。

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二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的實(shí)驗(yàn)流程(上)

樣本采集和 RNA 提取

樣本采集需要考慮研究目的和樣本類型。例如,研究**組織的轉(zhuǎn)錄組,就要準(zhǔn)確獲取**組織樣本,同時(shí)比較好有對應(yīng)的正常組織作為對照。RNA 提取方法有多種,常用的如 Trizol 法,它可以有效地從細(xì)胞或組織中提取總 RNA,包括 mRNA、rRNA 和 tRNA 等。提取后的 RNA 質(zhì)量至關(guān)重要,需要通過瓊脂糖凝膠電泳或?qū)iT的 RNA 質(zhì)量檢測儀器來評估 RNA 的完整性和純度。

RNA 質(zhì)量檢測和定量

完整性方面,通常使用 RNA 完整性指數(shù)(RIN)來衡量。RIN 值越高(一般認(rèn)為 RIN > 7 是高質(zhì)量 RNA),說明 RNA 完整性越好。定量方法主要有紫外分光光度法和熒光定量法。紫外分光光度法可以通過測量 RNA 在 260nm 和 280nm 處的吸光度比值來估計(jì) RNA 純度,比值在 1.8 - 2.0 之間表示純度較好。熒光定量法則是使用專門的熒光染料(如 Qubit)來更準(zhǔn)確地測量 RNA 濃度。

文庫構(gòu)建

首先要進(jìn)行mRNA富集,一般使用帶有poly-T的磁珠來特異性地捕獲mRNA,因?yàn)檎婧松飉RNA的3'端都有poly-A尾巴。然后將mRNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA,再通過超聲或酶切等方法將cDNA片段化,片段大小通常在幾百個(gè)堿基對左右。之后在片段兩端連接上測序接頭,經(jīng)過PCR擴(kuò)增來增加文庫的量,使其達(dá)到可以上機(jī)測序的要求。


二代測序——甲基化的作用和檢測方法有哪些?

作用

基因表達(dá)調(diào)控:DNA 甲基化通常與基因沉默有關(guān)。例如,在**發(fā)生過程中,某些抑*基因的啟動子區(qū)域(調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄起始的 DNA 序列)可能會發(fā)生高甲基化,導(dǎo)致這些基因無法正常表達(dá),從而失去對腫瘤細(xì)胞生長的抑制作用。

發(fā)育調(diào)控:在胚胎發(fā)育過程中,DNA 甲基化模式的動態(tài)變化對于細(xì)胞分化和組織***形成至關(guān)重要。不同的細(xì)胞類型具有特定的 DNA 甲基化圖譜,這些圖譜引導(dǎo)細(xì)胞向特定的方向分化。

檢測方法

亞硫酸鹽測序法:這是一種能夠精確檢測 DNA 甲基化狀態(tài)的方法。其原理是利用亞硫酸鹽處理 DNA,未甲基化的胞嘧啶會被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶則保持不變。經(jīng)過 PCR 擴(kuò)增和測序后,可以區(qū)分甲基化和未甲基化的位點(diǎn)。 一代、二代、三代測序的區(qū)別是什么?

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二代測序的建庫步驟②

二、片段化處理

物理方法:超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如,在一些文庫構(gòu)建中,將DNA樣本置于超聲破碎儀中,通過調(diào)整超聲功率和時(shí)間,可以將DNA片段化到幾百堿基對(bp)的長度范圍,一般在150-300bp左右,這符合二代測序的讀長要求。超聲破碎的優(yōu)點(diǎn)是片段大小比較均勻,但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù),否則可能會導(dǎo)致過度破碎或片段大小不一致。

酶切方法:利用限制性內(nèi)切酶進(jìn)行片段化。限制性內(nèi)切酶能夠識別特定的DNA序列,并在這些序列處切割DNA。例如,用EcoRⅠ酶可以識別GAATTC序列并進(jìn)行切割。通過選擇合適的限制性內(nèi)切酶組合,可以將DNA切割成期望大小的片段。不過,這種方法的局限性在于酶切位點(diǎn)的限制,可能無法獲得理想的片段大小分布,而且可能會引入酶切偏好性。 denovo測序是二代測序嗎?天津哪里有二代測序技術(shù)

二代測序即高通量測序技術(shù)。內(nèi)蒙古嘉安健達(dá)二代測序價(jià)格

二代測序的建庫步驟⑤

五、文庫富集(可選步驟)

PCR富集:對于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況,可能需要進(jìn)行PCR富集。利用與接頭序列互補(bǔ)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,增加文庫中目標(biāo)DNA片段的數(shù)量。在PCR反應(yīng)中,需要注意引物的設(shè)計(jì)要與接頭序列準(zhǔn)確匹配,并且要優(yōu)化PCR循環(huán)數(shù),避免過度擴(kuò)增導(dǎo)致文庫多樣性降低或引入PCR偏差。一般會通過預(yù)實(shí)驗(yàn)確定合適的PCR循環(huán)數(shù),例如從10-15個(gè)循環(huán)開始嘗試,通過檢測擴(kuò)增產(chǎn)物的量和質(zhì)量來調(diào)整循環(huán)數(shù)。 內(nèi)蒙古嘉安健達(dá)二代測序價(jià)格

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