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什么樣本可以做二代測(cè)序?③
細(xì)胞樣本
培養(yǎng)細(xì)胞:包括各種原代培養(yǎng)細(xì)胞和細(xì)胞系。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中,對(duì)培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序可以了解細(xì)胞的基因特征和功能變化。例如,在研究細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路時(shí),對(duì)經(jīng)過特定刺激處理的培養(yǎng)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,以分析基因表達(dá)的上調(diào)或下調(diào)情況。
脫落細(xì)胞:如痰液中的脫落細(xì)胞、尿液中的脫落細(xì)胞等。這些細(xì)胞可以用于某些疾病的篩查。例如,在肺*篩查中,對(duì)痰液中的脫落細(xì)胞進(jìn)行基因檢測(cè),通過二代測(cè)序?qū)ふ曳?相關(guān)的基因突變,作為一種非侵入性的檢測(cè)方法。 二代測(cè)序結(jié)果怎么分析?長寧區(qū)哪里有二代測(cè)序分析
二代測(cè)序的建庫步驟⑤
五、文庫富集(可選步驟)
PCR富集:對(duì)于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況,可能需要進(jìn)行PCR富集。利用與接頭序列互補(bǔ)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,增加文庫中目標(biāo)DNA片段的數(shù)量。在PCR反應(yīng)中,需要注意引物的設(shè)計(jì)要與接頭序列準(zhǔn)確匹配,并且要優(yōu)化PCR循環(huán)數(shù),避免過度擴(kuò)增導(dǎo)致文庫多樣性降低或引入PCR偏差。一般會(huì)通過預(yù)實(shí)驗(yàn)確定合適的PCR循環(huán)數(shù),例如從10-15個(gè)循環(huán)開始嘗試,通過檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物的量和質(zhì)量來調(diào)整循環(huán)數(shù)。 吉林嘉安健達(dá)二代測(cè)序流程二代測(cè)序是2005年以后開始的嗎?
一代、二代、三代測(cè)序的區(qū)別分別是什么?
一代測(cè)序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測(cè)序,也稱為Sanger測(cè)序。
二代測(cè)序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測(cè)序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對(duì)上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測(cè)序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測(cè)序的目標(biāo)。
三代測(cè)序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測(cè)序技術(shù),這兩種技術(shù)的測(cè)序讀長都可以達(dá)到幾-kb的級(jí)別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測(cè)序技術(shù)。
二代測(cè)序——應(yīng)用領(lǐng)域類問題
二代測(cè)序在**研究中的應(yīng)用有哪些:可用于**的早期篩查,通過檢測(cè)血液中的循環(huán)**DNA;進(jìn)行**的診斷分型,確定**的基因突變特征;評(píng)估***效果,監(jiān)測(cè)***過程中腫瘤細(xì)胞的基因變化;預(yù)測(cè)**的預(yù)后,分析與預(yù)后相關(guān)的基因標(biāo)志物;還可用于尋找**的新靶點(diǎn),為靶向***藥物的研發(fā)提供依據(jù)。二代測(cè)序在遺傳病診斷中的優(yōu)勢(shì)和局限性:優(yōu)勢(shì)在于能夠快速、***地檢測(cè)基因組中的變異,包括單核苷酸變異、小插入缺失、拷貝數(shù)變異等,提高了遺傳病的診斷率。局限性在于對(duì)于復(fù)雜基因組區(qū)域的檢測(cè)可能存在困難,如高度重復(fù)序列區(qū)域;檢測(cè)到的變異需要進(jìn)一步的功能驗(yàn)證和臨床解讀,部分變異的致病性難以確定;此外,成本相對(duì)較高,對(duì)于一些罕見病的診斷,可能需要較大的樣本量和更深入的分析。 二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高靈敏度。
不同二代測(cè)序技術(shù)平臺(tái)的速度
Illumina 測(cè)序平臺(tái):這是目前市場(chǎng)上應(yīng)用較為***的二代測(cè)序平臺(tái)之一,其測(cè)序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長,能夠滿足大規(guī)模基因組學(xué)研究和臨床檢測(cè)的需求。
Roche 454 測(cè)序平臺(tái):Roche 454 測(cè)序系統(tǒng)的測(cè)序速度也較快,其特點(diǎn)是測(cè)序片段比較長,高質(zhì)量的讀長能達(dá)到 400bp 左右,一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對(duì)一定數(shù)量樣本的測(cè)序。
BGISEQ 系列:華大智造的 BGISEQ 系列測(cè)序儀在速度上也有出色表現(xiàn),如全球二代測(cè)序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn),為快速測(cè)序提供了有力支持 二代測(cè)序讀長方面比一代測(cè)序短很多。河南嘉安健達(dá)二代測(cè)序技術(shù)
二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高準(zhǔn)確性。長寧區(qū)哪里有二代測(cè)序分析
②二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?
2、測(cè)序平臺(tái)和通量
不同的二代測(cè)序平臺(tái)有不同的通量(一次能測(cè)序的樣本數(shù)量和數(shù)據(jù)量)和測(cè)序速度。一些高通量的測(cè)序平臺(tái),如IlluminaNovaSeq系列,能夠在較短時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。但如果使用的是通量較低的小型測(cè)序儀,或者測(cè)序儀的運(yùn)行時(shí)間被多個(gè)項(xiàng)目分配,都會(huì)影響結(jié)果產(chǎn)出的時(shí)間。例如,在高通量平臺(tái)上進(jìn)行全基因組測(cè)序,測(cè)序運(yùn)行時(shí)間可能在2-7天左右,具體取決于測(cè)序深度等因素。而對(duì)于一些小型臺(tái)式測(cè)序儀進(jìn)行靶向基因測(cè)序,運(yùn)行時(shí)間可能在1-3天。 長寧區(qū)哪里有二代測(cè)序分析
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